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菌核病是矢车菊的主要病害，雨季发病严重。它通过病株与健壮株间的接触和土壤内菌丝体的生长蔓延传播。病害先从基部发生，感病初期呈水渍状软腐，并密生白色的絮状物，后呈褐色，逐渐向茎和叶柄处扩展。后期，茎内外可见黑色的菌核。防治方法：
①种植：时株行距不宜过密，土质要求疏松与排水良好。
②喷施药剂：发病初期可用25%粉锈宁可湿性粉剂2500倍液喷洒，或800倍液70%甲基托布津可湿性粉剂喷洒。
③清除病株：感病严重病株要及时去除并处理掉，以减少侵染源。
④注意种植地：为了防止菌核病感染，种植地要避免与十字花科植物轮作。
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