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牡丹常见病害有褐斑病、红斑病和锈病等；常见害虫有线虫、蛴螬和地老虎等。(1)叶斑病：也称红斑病，此病为多毛孢属的真菌传染。病菌主要浸染叶片，也浸染新枝。发病初期一般在花后15天左右，7月中旬随温度的升高日趋严重。初期叶背面有谷粒大小褐色斑点，边缘色略深，形成外浓中淡、不规则的圆心环纹枯斑，相互融连，以致叶片枯焦凋落。叶柄受害产生墨绿色绒毛层；茎、柄部染病产生隆起的病斑；病菌在病株茎叶和土壤中越冬。
防治方法：
①11月上旬(立冬)前后，将地里的于叶扫净，集中烧掉，以消灭病原菌；
②发病前(5月份)喷洒1：1：160倍的波尔多液，10一15天喷一次，直至7月底；
③发病初期，喷洒500-800倍的甲基托布津、多菌灵，7-10天喷一次，连续3-4次。
(2)紫纹羽病：为真菌病害。由土壤传播。发病在根颈处及根部，以根颈处较为多见。受害处有紫色或白色棉絮状菌丝，初呈黄褐色，后为黑褐色，俗称"黑疙瘩头"。轻者形成点片状斑块，不生新根，枝条枯细，叶片发黄，鳞芽瘪小；重者整个根颈和很系腐烂，植株死亡。此病多在6-8月高温多雨季节发生，9月以后，随气温的降低和雨水的减少，病斑停止蔓延。
防治方法：
①选排水良好的高燥地块栽植；
②雨季及时中耕，降低土壤湿度；
③4-5年轮作一次；
④选育抗病品种；
⑤分栽时用 500倍五氯硝基苯药液涂于患处再栽植，也可用5％代森铵1000倍液浇其根部；⑥受害病株周围用石灰或硫磺消毒。
(3)茵核病。又名茎腐病。病原为核盘菌。发病时在近地面茎上发生水渍状斑，逐渐扩展腐烂，出现白色棉状物。也可能浸染叶片及花蕾。
防治方法：
①选择排水良好的高燥地块栽植；
②发现病株及时挖掉并进行土壤消毒；
③4-5年轮作一次。
经常见的还有炭疽病、锈病。炭疽病在叶面上发生圆形或不规则形淡褐色凹陷病斑，扩展后边缘为紫褐色；锈病在叶背着生黄色孢子堆，引起叶片退绿，后期病叶上生柱状毛发物。防治方法同叶斑病。
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