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(1)茎腐病，主要为害茎和根部。发病初期，根茎部出现淡褐色的病斑，严重时植株枯死。防治方法为轮作、土壤消毒及药剂防治。
防治方法：发病初期向发病部位喷施40%乙膦铝可湿性粉剂200～400倍液，或用50%敌菌丹可湿性粉剂1000倍液浇灌植株根茎部。
(2)苗腐病，主要为害幼苗。发病初期幼苗近土表的基部或根部呈水渍状，最后腐烂，以致全株倒伏或调萎枯死。
防治方法：发病初期可喷洒50%多菌灵可湿性粉剂800倍液或75%百菌清可湿性粉剂800倍液。
(3)草锈病，主要为害叶片、嫩茎和花萼。
防治方法：发病初期，可喷洒15%粉锈宁可湿性粉剂2000倍液或65%代森锌可湿性粉剂500倍液。
(4)叶枯病，主要发生于叶部和茎部。
防治方法：发病初期，可喷洒等量式波尔多液，或65%代森锌可湿性粉剂600倍液，或50%莱本特可湿性粉剂2000～2500倍液。
(5)灰霉病，是温室内栽培金鱼草的重要病害。植株的茎、叶和花皆可受害，以花为主。
防治方法：发病初期，选用70%甲基托布津可湿性粉剂1000倍液，或50%多菌灵可湿性粉剂800倍液喷雾防治。每隔10～15天喷1次，连喷2～3次。
